在土壤和地形方面，其作业过程会直接破坏湿地的地表结构。长臂挖机的行走和挖掘动作会压实土壤，降低土壤孔隙度，影响土壤的通气性和透水性。这可能导致湿地植物根系呼吸受阻，影响其生长和繁殖。而且挖掘作业改变了湿地原有的地形地貌，破坏了湿地的自然水系分布，使水流路径发生改变，一些原本积水的区域可能干涸，而其他区域可能出现积水过深的现象，不利于依赖特定水深生存的动植物群落的稳定。
对于湿地植被而言，长臂挖机的作业往往会造成大规模的植被破坏。许多湿地植物被直接铲除或掩埋，这不仅减少了植物的数量和种类多样性，还切断了植物之间的生态联系以及它们与其他生物的共生关系。例如，一些鸟类依赖湿地植物筑巢、栖息和觅食，植被的破坏会迫使它们迁移到其他地区，改变了当地的鸟类种群分布和数量。同时，植被的减少使得湿地土壤更容易遭受侵蚀，进一步恶化生态环境。
在水生生物方面，湿地水体的扰动和水质变化对其影响显著。长臂挖机在水中或靠近水域作业时，会搅浑水体，增加水中悬浮物浓度，降低水体透明度。这会影响水生植物的光合作用，减少水中氧气的产生。同时，作业过程中可能导致燃油泄漏、油污进入水体，以及挖掘出的泥沙中携带的有害物质释放，污染水质，危害水生生物的生存。一些敏感的鱼类、虾类和贝类可能因水质恶化而死亡或繁殖能力下降，破坏了湿地水生生态系统的食物链和食物网结构，导致整个生态系统的失衡。
此外，长臂挖机作业产生的噪音和震动也会对周边生态产生干扰。噪音会惊扰湿地中的野生动物，使它们处于应激状态，影响其正常的觅食、繁殖和栖息行为。长期处于噪音和震动环境下，一些动物可能会选择离开原本的栖息地，寻找更安静的环境，从而改变了湿地的生态群落组成。
然而，如果在作业过程中采取有效的生态保护措施，如合理规划作业路线、采用环保型设备、及时进行生态修复等，可以在一定程度上减轻这些负面影响，实现湿地开发利用与生态保护的平衡。但总体而言，长臂挖机在湿地环境作业时，若不加以重视和管控，对周边生态的破坏是不可忽视的。
